目前，已知的花青素超过500种，存在于27个科、72个属的植物中。其在植物中的含量因品种、季节、气候、成熟度等因素不同而有很大差别。

其中有6种花青素在食物中较为常见，分别为天竺葵色素（深红色）、矢车菊色素（艳红色）、飞燕草色素（蓝紫色）、芍药色素（玫瑰红）、牵牛花色素（紫色）及锦葵色素（淡紫色）。

花青素在食物中分布广泛，紫薯、葡萄、血橙、甘蓝、蓝莓、樱桃、红莓、草莓、桑葚、山楂等食物中的花青素含量较为丰富。