文章概要
构建细胞图谱涉及的主要生物信息学流程包括细胞和基因的筛选、归一化、去除批次效应、降维和聚类等，不同的处理步骤有不同的方法及相应的参数，方法和参数的选取往往需要根据不同的问题和数据做多次尝试和调整，所有这些琐碎的步骤都可能影响最终构建的图谱。相反，这些记录的缺失也都可能成为复现一个细胞图谱的障碍。

在本文中，作者选取的人类树突细胞图谱的工作[2]对整个生物信息学分析流程有较为详细的描述，并对关键的分析步骤提供了相应的代码。作者根据文中提供的材料进行了逐步的复现与比较。结果显示，原文中重要的生物发现(一个新的细胞类型和两个细胞亚型)都得到了验证，但复现得到的细胞图谱却和原文的结果有些细微的差别。这说明，与传统的以生物发现为导向的研究相比，人类细胞图谱需要更多的实验细节来保证其可重复性。近期有不少关于规范发表习惯以保证文章可重复性的讨论[3-5]，本文得到的实验观察为将来制定人类细胞图谱论文发表规范提供了材料和依据。


                           图1 对人类树突细胞图谱的复现和比较

                         
参考文献：
[1] Hua, K., & Zhang, X. (2018). A case studyon the detailed reproducibility of a human cell atlas project. QuantitativeBiology, 1-8.
[2] Villani, A. C.,Satija, R., Reynolds, G., Sarkizova, S., Shekhar, K., Fletcher, J., ... &Jardine, L. (2017). Single-cell RNA-seq reveals new types of human blooddendritic cells, monocytes, and progenitors. Science, 356(6335),eaah4573.
[3]Baker, M. (2016) Is there a reproducibility crisis? Nature. 533,452–454
[4] Berg, J. (2018) Progress on reproducibility. Science, 359, 9
[5] Stark, P. B. (2018) Before reproducibility must come preproducibility. Nature,