操作规程也称标准操作规程（SOP），它是员工执行每一项操作或程序必须遵守的，经审核、验证、批准的正式书面文件，它不同于管理规程但必须符合管理规定的所有要求。制定SOP的目的是将工作内容与程序以固定、量化、简单直观的方法表现出来，让一个毫无经验的人能够很容易看懂，可以依据SOP的指导完成对应操作和事物处理。 

因此，操作规程的制定要以事实根据为原则（每一个操作规程都应以可行性方法或过程的论证数据为基础），应具有指令性（必须不折不扣地执行）、系统性（针对一项工作的每一步操作的SOP都要彼此相互关联、衔接、支撑）、规范性（格式内容风格统一）、可操作性（通俗易懂，不会让不同的人产生理解上的歧义）和严密准确性（既无漏洞也不重叠）等特点。企业应根据自身实际情况制定出涵盖管理思想、管理理念和管理手段的，实用而可行的操作规程，以充实自已的质量保证体系及GMP的内涵，并对具体的操作人员进行本岗位SOP培训。

新版GMP第一百八十一条对操作规程的具体文件格式内容进行了规定。与98版的第六十二条相比，增加了“版本号”列项，并要求在SOP中记录操作规程的变更历史。

“版本号”用于明确SOP修订次数。“变更历史”可以追溯文件历史，以准确体现哪个版本的操作规程，什么时候，修改过那些内容。可做到对于操作规程的变更升级过程“一清二楚”，增强了操作规程的可追溯性的，便于操作者掌握文件变更的内容。另外，SOP标题要能让使用者一目了然，不会发生与其他文件的混淆。

新版GMP还强调了“厂房、设备、物料、文件和记录应当有编号（或代码），并制定编制编号（或代码）的操作规程，确保编号（或代码）的唯一性”（见第一百八十二条），以作为企业系统管理的基础。

另外，新版GMP还特别指出：“确认和验证、设备的装配和校准、厂房和设备的维护、清洁和消毒、培训、更衣及卫生等与人员相关的事宜、环境监测、虫害控制、变更控制、偏差处理、投诉、药品召回及退货”活动也应当有相应的操作规程，其过程和结果应当有记录（见第一百八十三条）。